Programa establecido desde el inicio de la EEAFBM en 1954. Comprende labores en docencia, investigación y acción social. Se ha desarrollado tecnología de manejo para hortalizas, legumbres, raíces y tubérculos. Los investigadores han logrado establecer alianzas estratégicas con el sector público institucional y privado (MAG, ICAFE, CINDE, INFOCOOP, C.H.N., IICA). Gracias a esta articulación inter-institucional, fue posible liberar el híbrido «Dulcitico» de chile dulce a finales del 2013. Este híbrido de chile dulce tiene buenas características productivas y de resistencia a plagas y enfermedades. Además, su semilla es notablemente más barata que la importada.
En el mediano plazo está prevista la liberación de una nueva variedad de tomate con resistencia a la Maya bacteriana (Ralstonia solanacearum). Entre las principales disciplinas de estudio están: Mejora genética, Producción hortícola en campo y agricultura protegida, Fisiología de los cultivos, Hidroponía, Mercadeo y costos de producción. Algunos cultivos que han sido investigados son el chile dulce, tomate de mesa, zanahoria, cebolla, papa, melón, espárrago, fresa, hortalizas de hoja, raíces y tubérculos.